La orientación de Procesamiento de Señales y Mecatrónica cuenta con varios laboratorios dentro de los cuales está: el laboratorio de Procesamiento de Señales Ópticas e Imágenes, de óptica, un Laboratorio de Prototipos, dentro de los cuales se cuenta con equipo especializado para el desarrollo de prácticas de licenciatura y de trabajos de investigación. Se cuenta además para el desarrollo diseño de tarjetas de circuito impreso, equipo especializada para trabajar con dispositivos de nueva generación como CPLDS y FPGAs, analizadores de Señales, Osciloscopios, Interferómetro láser, DMD, CCD’s, etc.

Otro laboratorio es el de Biomecatrónica, en el cual existen unidades de producción bajo ambiente controlado (invernaderos), que han sido base de los desarrollos tecnológicos y publicaciones en esta área, todas estas unidades son de diseño y desarrollo propio, cada unidad está equipadas con la tecnología que ha sido desarrollada en la Universidad, se cuenta con dos unidades de producción bajo ambiente controlado, las cuales se encuentran en la Unidad de Producción de Veterinaria.